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D'une manière générale, 80 % des formes de vie marines sont animales. La flore sous-marine regroupe donc tous les organismes vivants des mers et des océans qui ne sont pas des animaux.

De ce fait, les éponges, échinodermes, gorgones, coraux (cnidaires), et plus globalement les filtreurs, ressemblent à des plantes car ils vivent fixés, mais sont bien des animaux et souvent, des colonnies d'animaux commes les polypes à l'origine des massifs coralliens.

Parmis les espèces végétales sous-marines, on compte par exemple les algues, les herbiers (posidonies), le phytoplancton, etc...

Les algues
Ce sont des végétaux chlorophylliens composé d'un thalle qui constitue l'appareil végétatif. Ces végétaux sont donc sans racine, ni tige, ni feuille, mais sont formés par un thalle. Accrochées par de solides crampons sur des roches ou tout autre support le leur permettant, elles tirent toutes leurs substances de l'eau.
Les algues sont également en concurrence avec tous les animaux fixés d'où le manque permanent de place et la rapidité à laquelle sont colonnisés tous corps inertes artificiels (épaves, récifs artificiels...).
Sont recensées des algues rouges ou rhodophycées dont les pigments rouges et bleus viennent s'ajouter aux pigments communs, des algues vertes ou chlorophycées, et des algues brunes, dites phéophycées.

Les plantes subaquatiques
Chez les végétaux dits supérieurs, l'appareil végétatif est un cormus et non plus un thalle comme chez les algues.
Les phanérogames subaquatiques sont très proches des plantes à fleurs terrestres dont elles sont issues. Elles possèdent un appareil végétatif de même type et leur tige rampante plus ou moins souterraine (le rhizome), est munie de racines et de longues feuilles souvent en ruban. Leur reproduction fait intervenir des fleurs fécondées par un pollen transporté par l'eau et aboutit à la formation de graines, souvent protégées dans un fruit.
Parmi les plus connues, les herbiers de posidonies constituent des massifs sur les bancs de sables sur la base de rhysomes et contribuent à stabiliser les fonds sableux du littoral tout en servant de nourriture et d'abris pour des centaines d'espèces animales et végétales. Les herbiers de posidonnies commes leurs cousines terrestres produisent des fruits (olives de mer) et des fleurs, et contribuent à oxygéner l'eau.

D'autres plantes subaquatiques:
- La cornifle (Ceratophyllum demersum)
- la cymodocée ou paille de mer (Cymodocea nodosa)
- la zostère marine (Zostera marina)
- le potamot (Potamogeton)
- la myriophylle (Myriophyllum)

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