La "réserve Cousteau" est située en face de la plage de Malendure, côte ouest de la Basse Terre (c'est ici que le commandant J.-Y. Cousteau à tourné quelques scènes du "Monde du Silence" en 1956).

En janvier 2004, lors de la création de la réserve naturelle, la mairie de Bouillante décida de faire un hommage à Jacques Yves Cousteau. Il avait en effet déclaré dans les années 1960 que le site des Ilets Pigeon était l'un des plus beaux sites de plongée des Caraïbes et qu'il serait opportun de la préserver.
A l'occasion de la création d'une réserve naturelle d'environ 400 hectares, le buste du commandant fut immergé sur les Ilets Pigeon par 12 mètres de fond.

Ce fut l'occasion d'une émouvante cérémonie en la présence des anciens de la Calypso:
- Albert Falco, ancien capitaine de la Calypso
- Le docteur Laval, médecin à bord de la Calypso
- Michel Metery
- Et bien sûr Jean Michel Cousteau

Depuis une vingtaine d'années, le parc national de la Guadeloupe a mis en place des mouillages fixes sur les Ilets Pigeon. Il est désormais interdit de jeter l'ancre, ce qui préserve considérablement les coraux et autres spongiares.

4 lieux de mouillage ont été aménagés autour des ilets Pigeon :
- Les sources chaudes
- L'aquarium
- Le jardin de corail
- La piscine